La Fédération des MJC d'Alsace fédère une soixantaine d'associations mais gère également des structures en convention ou délégation de service public avec les collectivités : Communauté de Communes des Portes de Rosheim (Rosheim), Ville de Molsheim, Mutzig, Soultz-les-Bains, Ergersheim, Secteur EDDDA (Ergersheim, Dachstein, Duttlenheim, Duppigheim, Altorf), Communauté de Communes de la Mossig et du Vignoble (Wasselonne), Dangolsheim, Scharrachbergheim-Irmstett, Marlenheim, Nordheim, Kirchheim, Communauté de Communes du Canton d'Erstein (Benfeld, Rhinau, Gerstheim), Entzheim, Eschau, Fegersheim, Geispolsheim, Oberhausbergen, La Wantzenau, Bischheim, Souffelweyersheim, SIVU Les Châteaux, Achenheim, Breuschwickersheim, Hangenbieten, Kolbsheim, Osthoffen, Communauté de Communes de la Basse-Zorn (Hoerdt), Communauté d'Agglomération de Haguenau Secteur Bischwiller, Bischwiller, Kaltenhouse, Oberhoffen, Schirrhein, Rohrwiller, Communauté de Communes du Pays de Wissemborug (Wissembourg), Wissembourg, Seebach, Drachenbronn, Climbach, Riedseltz, Oberhoffen-les-Wissembourg, hunspach, Altenstadt, Schleithal, Communauté de Communes du Pays Rhénan (Roeschwoog), Communauté de Communes de la Plaine du Rhin (Beinheim), Lauterbourg, Niederlauterbach, Eberbach, Beinheim, Mothern, Niederroedern, Warschbach, Seltz, Communauté de Communes d'Alsace Bossue (Sarre-Union), Communauté de Communes du Pays de la Zorn (Hochfekden), Communauté de Communes du Kochersberg (Truchtersheim), Communauté de Communes de Sauer-Pechelbronn (Durrenbach), Durrenbach, Hegeney, Langensoultzbach, Lembach, Merkwiller-Pchelbronn, Preuschdorf, Walbourg, Woerth, Baerenthal, Philippsbourg